มุโต้ ยูกิ เด็กชายผู้ต่อตัวต่อพันปี ซึ่งเป็นหนึ่งในไอเทมพันปีได้สำเร็จ ว่ากันว่าผู้ที่ต่อตัวต่อนี้สำเร็จ คนผู้นั้นจะได้รับพลังแห่งความมืด และปัญญาของเทพ และเพราะตัวต่อนี้ยูกิจึงได้รู้จักกับ “ตัวเขาอีกคนหนึ่ง” ที่เป็นวิญญาณของฟาโรห์ผู้ไร้นามซึ่งสูญเสียความทรงจำที่สถิตอยู่ในตัวต่อพันปี ทั้งสองได้เป็นคู่หูกัน และเพราะตัวต่อพันปีนี้เอง ทำให้ยูกิได้รู้จักกับสหายคือ โจวโนะอุจิ, ฮอนดะ, อันซุ, ไคบะ และบาคุระ รวมทั้งดูเอลลิสจำนวนมาก